بروتياز السيستين هي فئة من الإنزيمات المسؤولة عن تحلل وهدم البروتينات عن طريق شق الروابط الببتيدية. تستخدم بروتياز السيستين على وجه التحديد بقايا السيستين داخل مواقعها النشطة، الذي يعمل بمثابة عامل مانح للإلكترونات أو نيوكليوفيل Nucleophile لإجراء التحفيز الانزيمي. فيما يلي تمثيل مبسط للتفاعل المحفز بواسطة بروتياز السيستين: R1-C(=O)-NH-R2 + H-S-Cys → R1-C(=O)-S-Cys + NH-R2 في هذه المعادلة، تمثل R1 وR2 السلاسل الجانبية للأحماض الأمينية المشاركة في الرابطة الببتيدية المشقوقة.