تسلسل جينوم الطحالب البنية تحتوي الطحالب البنية على جينومات أكبر من الطحالب الحمراء، وتتراوح من 200 إلى 1000 ميجا قاعدة Mb. تتميز جينوماتها أيضًا بمحتوى عالي من القاعدتين GC (40-60٪) ونسبة عالية من العناصر المتكررة. تمتلك الطحالب البنية نوعًا فريدًا من جينوم البلاستيدات الخضراء Chloroplast Genome وهو دائري ولا يحتوي على إنترونات Introns.