إنهاء الاستعمار يشير إنهاء الاستعمار في العدوى الميكروبية إلى عملية إزالة الميكروبات الضارة المحتملة من جسم الشخص المصاب ومنعها من التسبب في العدوى. غالبًا ما يتم استخدامه في الحالات التي يؤوي فيها شخص ما مسببات أمراض خطيرة، مثل البكتيريا المقاومة للمضادات الحيوية، ولكن لم تظهر عليه الأعراض بعد. ومن خلال القضاء على هذه الميكروبات بشكل استباقي، يمكن إنهاء الاستعمار و تقليل خطر الإصابة بالعدوى. تركز عملية إنهاء الاستعمار عادة على مواقع معينة من الجسم معروفة بإيواء مسببات الأمراض، مثل الأنف أو الجلد أو الجهاز الهضمي.