اختلال توازن الارتباط يشير إلى الأليلات الموجودة في المواقع القريبة بدرجة كافية من بعضها البعض بحيث تظل موروثة معًا عبر العديد من الأجيال لأن قربها الشديد يجعل إعادة التركيب (العبور) بينهما أمرًا مستبعدًا.