نوكليازات خارجية هي اصلا نوكليازات داخلية (Endonucleases) لكنها تعمل على حذف أو استئصال القواعد النتروجينية التالفة، على سبيل المثال ازالة ثنائي الثيميدين (Thymidine Dimers) من تسلسل الحمض النووي.